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全球微生物模式基因組測序計劃取得重要進展

作者: 發布時間:2020.11.02 文章來源:

  

 

    10月29日,《核酸研究》(Nucleic AcidsResearch)在線發表了國家微生物科學數據中心(中國科學院微生物研究所微生物資源與大數據中心、世界微生物數據中心)團隊關于全球模式微生物基因組數據庫gcType的文章。gcType是由我國牽頭的全球模式微生物基因組測序計劃的重要成果。

 

    模式菌株(type strains)是在給微生物定名、分類記載和發表時,以純菌狀態所保存的菌種,是微生物分類學的標準參考物質,也是理想的生物技術研究工具,具有重要的科研和產業價值。模式菌株長期以來分散在全球各國超過100余個保藏中心,是各個保藏中心甚為珍貴的資源。2018年,微生物所牽頭組織發起了全球模式微生物基因組測序計劃,從全球微生物資源保藏中心選擇目前未進行測序的模式微生物菌株(包括細菌、古菌和可培養真菌),預計5年內完成超過10,000種的細菌、真菌、古菌模式菌株基因組測序,建立全球微生物模式菌株基因組測序合作網絡,現已有來自美國典型菌種保藏中心、日本理化學研究所生物資源中心、日本技術評價研究所生物資源中心、韓國典型菌種保藏中心等超過12個國家的26個微生物資源保藏中心正式加入該計劃并形成了重要的階段性成果。

 

    目前,國家微生物數據中心(世界微生物數據中心)已經形成了國際引領的微生物大數據平臺體系。其中全球微生物菌種目錄(Global Catalogueof Microorganism, gcm)集成了來自全球50個國家133個微生物資源中心46萬微生物菌種資源數據(Nucleic Acids Res. 2016),是目前最大的微生物實物資源數據平臺。全球模式微生物基因組數據庫(Global Catalogueof Type Strain, gcType)整合了16701個有效發表的原核生物的超過13 944個基因組數據(Nucleic Acids Res.2020),是目前在模式微生物基因組方面數據最為全面,功能最為完善的數據平臺,為用戶提供一站式的數據管理和基因組注釋、新種鑒定等分析。全球微生物組數據庫(The GlobalCatalogue of Metagenomics, gcMeta)整合了超過200TB宏基因組相關數據和超過100個在線數據分析工具及整合的工作流(Nucleic Acids Res. 2019)。

 

    國家微生物科學數據中心持續為超過90個國家的用戶提供高質量的數據服務,致力于建立國際一流的微生物數據中心。國家微生物科學數據中心史文聿博士和孫清嵐博士為文章共同第一作者,中心馬俊才研究員與吳林寰研究員為共同通訊作者,國內外22個團隊共同參與了文章的相關工作。衷心感謝中國科學院國際大科學培育專項計劃、科技部國家微生物科學數據中心、中國科學院微生物學科數據中心、中國科學院地球大數據A類先導專項、中國科學院戰略生物資源網絡計劃等項目的長期支持。

 

    文章地址:https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkaa957/5943199

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